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2007年現在、ダブルバルーン内視鏡やカプセル内視鏡により小腸結核も診断できるようになった。なお、他の多くの細菌性腸炎と異なり、腸結核では必ずしも大便から結核菌が検出されるとは限らない。 腸管出血性大腸菌や赤痢菌などの他の細菌による大腸炎、アメーバ赤痢、クローン病、潰瘍性大腸炎、虚血性大腸炎、薬剤性腸炎、大腸癌など。
豚腸結節虫(ぶたちょうけっせつちゅう、学名:Oeophagostomum dentatum)は、ブタの盲腸、結腸に寄生する線虫の1種。感染様式は経口感染であり、体長は♂8-10mm、♀11-14mm。宿主の大腸に直径約1mmの結節を作ることがある。プレパテント・ピリオドは49日。 ^ 日本寄生虫学会用語委員会
重症の場合は手術が必要な場合もある。 中毒性巨大結腸症(ちゅうどくせいきょだいけっちょうしょう)は、劇症型の大腸炎に伴って腸管が弛緩性に拡張した状態のこと。急性腹症のひとつ。全身に中毒症状(自家中毒)を現す非常に危険な状態で、一般的な巨大結腸症とは区別して扱われる。
牛腸結節虫(うしちょうけっせつちゅう、学名:Oesophagostomum radiatum)とは、ウシ、スイギュウの盲腸、結腸に寄生する線虫の1種。感染様式は経口感染であり、体長は♂14-17mm、♀16-22mm。宿主の大腸に直径4-5mmの結節を作ることがある。プレパテント・ピリオドは32-42日。